森林里，一个哭声响起，随后，一位老爷爷走了过来，将抱起。老爷爷在周围并没有发现人的情况下说“：奇怪，这里怎么会有一个孩子，这里到处都是神奇宝贝，伤到这个孩子，怎么办”再三确认周围没人后，老爷爷说“：是一个弃婴嘛？明明好好的啊，小家伙，算你走运，被我捡到了，来，让我带你回家。”
小亓，一名在校大专生，他十分的痴迷于神奇宝贝，有关于神奇宝贝的视频或者游戏，他都有看过和玩过，有的阶段他还反复看了好几遍，丝毫没有感觉到厌倦。一天，小亓坐在电脑前玩着神奇宝贝新出的新款游戏，突然电闪雷鸣，一道闪电劈中小亓，随后，小亓便陷入了昏迷。在小亓重新恢复意识之际，小亓发现自己的身体变小了，只有一岁的样子，被一个老爷爷抱起了。在小亓看清楚老爷爷的样子后，小亓惊奇的发现，这个老爷爷是大木博士。小亓在脑海中疑惑。“我…我这是穿越了？还穿越到了神奇宝贝的世界？还被大木博士捡到了？”一大堆疑问在小亓的脑海里。
虽然穿越到了神奇宝贝的世界，但小亓并没有感觉到不好，因为在前世小亓就是一个孤儿，从小在孤而院里长大。唯一一个对他好的院长，也在几年前就死了，所以，小亓并没有感到难过，而是感到了兴奋。自己穿越到了神奇宝贝的世界，那么就一定要在这个世界杨名。
过了一会后，小亓就被大木博士带回了研究所里，娜娜美在看到小亓后疑惑的问向大木博士“：爸，你才哪抱来的孩子？”大木博士回答道“：这是我在后山观察神奇宝贝的时候捡到的，我看周围没人，又怕他发生什么危险，我就把他抱了回来。”娜娜美回道“：是嘛，还真是一个可怜地孩子呢。爸，以后就让我来扶养这个孩子吧，刚好，小茂也刚刚出生，看他的样子应该比小茂大，就让他做小茂的哥哥吧。”大木博士“：嗯，好，那就交给你了，我先去做研究了。”娜娜美“：嗯，去吧，爸，让我来照顾他，哎，对了，爸，这孩子叫什么名字？”大木博士“：什么名字啊，就叫他小亓吧，在我捡到他的时候，旁边的树上，刻着亓字。”娜娜美“：小亓嘛，你好啊，小亓，以后你就是我娜娜美的孩子咯。”
在当晚，大木博士在睡觉的时候，做了一个梦。梦里出现了一只神奇宝贝，帕鲁奇亚，空间之神。在大木博士的梦里，帕鲁奇亚告诉大木博士，小亓是一个可以改变整个神奇宝贝世界的人，让大木博士好生扶养，并将一条黑色手链交了大木博士。在大木博士醒来之际，以为这只是一场梦而已，可是当他看到自己的手里真的有一条黑色的手链后，大木博士震惊了。随后，他便找了娜娜美，跟娜娜美说明了他梦到的事情后，把黑色手链交到了娜娜美，让娜娜美给小亓带上。
时间慢慢过去了，小亓也接受了来到这个世界的事实。小亓虽然有着自己的意识，但却无法控制自己的身体，吃喝拉撒一点都不能控制，每次都要娜娜美为他做。时间一天天的过去了，小亓开始慢慢的学走路，虽然前世是一个大专生，但这一世，小亓是一个婴儿，所以小亓就要从零开始学起。开始走的是跌跌撞撞。小亓就纳闷了，明明是自己的身体，怎么就控制不了，在小亓的努力下，慢慢的学会了短距离的走，小茂也跟着一起学了起来。在娜娜美的鼓励下，小亓跟小茂两个人都慢慢的学会了走路。
五年后，小亓已经学会了很多，因为夹杂着前世的记忆，所以小亓学起来东西来很快。一天，小亓去了大木博士的研究所，大木博士在看到小亓来了之后说“：小亓，你来啦，今天也是来跟爷爷一起观察神奇宝贝的嘛？”小亓回道“：嗯，是的，爷爷。”大木博士欣慰的笑了笑，小亓虽然不是大木博士的亲孙子，但大木博士并没有区别对待小亓，而是将小亓当做亲孙子一样看待。在看到小亓每天都会来跟他一起观察，学会有关于神奇宝贝的知识，大木博士很高兴。大木博士“：嗯，今天我们要去后山，后山比较危险，有很多脾气不好的神奇宝贝，你可别乱跑啊，好好待在我身边，知道嘛？”小亓回道“：嗯，知道了，爷爷。”随后，大木博士便带着小亓一起来到了后山，在观察的过程中，小亓谨慎的跟在大木博士的后面一起观察神奇宝贝。
在观察了一会后，小亓发现了一只受伤了的啵啵。“爷爷，那里有一只受了伤的啵啵，我们帮它进行治疗吧。”小亓说完并用手指了一个方向。大木博士看向小亓手指向的东西，的确看到了一只受了伤的啵啵。大木博士看到受伤的啵啵后，跑到了啵啵身前，刚开始，啵啵拒绝大木博士的靠近，在大木博士的安抚下，慢慢的啵啵放下了戒心，随后大木博士便对啵啵继续了简单的包扎处理。在包扎完后，啵啵已经可以飞行了，在离开之际，蹭了蹭大木博士就飞走了。大木博士在为啵啵包扎完后，就带着小亓继续进行了观察，到了晚上，小亓就跟着大木博士一起回到了研究所里。
第二天，小亓又去了大木博士的研究所里学习有关于神奇宝贝的知识，虽然小亓是带着前世的记忆一起穿越过来的，但前世那些有关于神奇宝贝的知识全是片面的，跟前世那些数据不同，这
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